Le nom de Gerstheim est mentionné pour la première fois officiellement par le pape alsacien Léon IX, comte d’Eguisheim en 1066.  Le village portait alors le nom de Gerbodesheim, qui remonte à l’invasion des barbares et qui pourrait provenir de Gerbod, nom de l’un de ses habitants qui signifiait « porteur de lance ».

A cette époque, les familles nobles comme les Von Bock installés près du Moulin (d’où le nom rue du Château) et les Von Berstett, installés dans l’ancienne rue de Berstett (rue de la Division-Leclerc) possédaient la plupart des terres. Une des familles les plus connues était celle des comtes de Gerolseck, notamment le tristement célèbre Walter Von Gerolseck qui avait bâti son château d’eau au lieu-dit « La Schwanau »: construit sur un des nombreux bras du Rhin, on y accédait en bateau. La spécialité de Walter Von Gerolseck était de détrousser les marchands en bloquant la navigation par des chaînes tendues.

Pour faire cesser les brigandages le château fut complètement détruit en juillet 1333 par la milice et l’artillerie des seigneurs Strasbourgeois et Bâlois.

Aujourd’hui, les “Gerstheimois” sont surnomés “les Hammelfleischfresser”.